Apesar dos avanços impressionantes da agência sob sua liderança, Hoover foi criticado ocasionalmente por excesso de zelo e por investigar e perseguir indivíduos que considerava radicais ou subversivos.
O Bureau of Investigation foi renomeado como Bureau of Investigation dos Estados Unidos em 1932; recebeu seu nome atual em 1935. Durante a Segunda Guerra Mundial, o FBI foi responsável por rastrear desertores militares e evasores do recrutamento e por coletar informações de inteligência. Após a guerra, a agência concentrou-se na perícia de atividades comunistas reais e supostas nos Estados Unidos. Durante as décadas de 1950 e 1960, o FBI utilizou meios secretos para perturbar as atividades de grupos que considerava subversivos e para desacreditar os seus líderes; as operações, conhecidas como COINTELPRO (programas de contraespionagem), foram oficialmente descontinuadas em 1971.
Em 1964, a jurisdição investigativa do FBI foi bastante ampliada pela aprovação da Lei dos Direitos Civis , que proibia discriminação racial e outras formas de discriminação no emprego, na educação, na votação, no uso de acomodações públicas e em outras áreas. Durante o mesmo período, uma crescente consciência pública da existência de grandes sindicatos criminosos estimulou a legislação penal federal contra a extorsão e os jogos de azar. Estas leis também aumentaram as responsabilidades investigativas do FBI. O Centro Nacional de Informações sobre Crimes , que serve para coordenar e auxiliar as autoridades locais, estaduais e federais responsáveis pela aplicação da lei, foi estabelecido pelo FBI em 1967.